دو سال قبل از شروع جنگ جهانی دوم یعنی سال ۱۹۳۷ میلادی ، سرهنگ دوم یوکی از ارتش امپراتوری ژاپن دست به تاسیس یک گروه خاص برای تجسس با ویژگی هایی فراتر از محدودیت های خشک نظامی ارتش میزنه و این نهاد خاموش ” آژانس “D نام دارد. در کنار یوکی ، شخص دیگری بنام سرهنگ ساکوما به او محلق میشه تا فعالیت ها و عملکرد های این گروه رو زیرنظر بگیره. این آژانس ، محلی برای تربیت اشخاصی هست که ماموریت های سری و جاسوسی هست که از در چهارچوب ارتش امپراتوری قابل گنجیدن نیست. نتنها در رابطه با این مطلب شاهد تفاوت فاحش بین افراد این گروه و نظامی های شست و شوی مغزی شده هستیم بلکه در دکترینی که یوکی بعنوان پدر معنوی گروه و موسس این آژانس مطرح میکنه خبری از دیدگاه خاص نظامی ها نیست. ” نمیر ، نکش ، دستگیر نشو” سه جمله و سه قانون معیار برای هر عضو این آژانس هست. در این وضعیت و نبود یک حس حسن آمیز نسبت به این تیم ، عده ای از فرماندهان و خواص ارتش امپراتوری سعی در نابودی این گروه دارند. حال ، ماموریتی سرنوشت ساز نصیب این آژانس شده و آزمونی برای بقای آژانس.D پرونده ای بنام “Black Note” اینبار حکم مرگ و زندگی این تیمه.